Para poder contextualizar la diferencia entre la microbiología y la bacteriología hay que iniciar con las definiciones de cada uno.
La Microbiología es una rama de la biología y se enfoca en el estudio de microorganismos, entre los cuales se encuentran los agregados celulares procariotas (son los organismos unicelulares sin núcleo y su material genético está disperso en el citoplasma) y eucariotas (las células que cuentan con un núcleo diferenciado del citoplasma, su ADN se encuentra dentro de un compartimento separado del resto de la célula), las células, hongos, virus y bacterias, así como todos aquellos elementos microscópicos.
Como tal, la microbiología estudia las bacterias, entra la bacteriología por lo tanto la Bacteriología es una rama de la Microbiología que se dedica al estudio de la anatomía, fisiología, reproducción, origen y diversidad de las bacterias, microorganismos que pueden prevenir, diagnosticar y tratar enfermedades causadas por bacterias. Entre sus beneficios están la prevención, diagnóstico y pronóstico, seguimiento y tratamiento de enfermedades, así como la divulgación de la salud.

Anteriormente se consideraba que la microbiología y bacteriología era algo negativo ya que se asociaba únicamente a las enfermedades humanas y de animales, sin embargo, en la actualidad y debido a los avances en las científicos, ahora la microbiología y bacteriología tienen amplias aplicaciones en el terreno industrial, como las fermentaciones, alimentario, la producción de antibióticos.
Aplicaciones de la microbiología
Microbiología Médica se encarga de estudiar los microorganismos causantes de enfermedades (patógenos), prevención y control de las enfermedades infecciosas.
- Microbiología de Alimentos Estudia los efectos dañinos y beneficiosos de los microorganismos sobre los alimentos, además de la preparación de alimentos tales como quesos, salchichas, yogur, encurtidos.
- Microbiología del Agua: su importancia recae en obtener aguas de óptima calidad y utiliza microorganismos con el fin de regenerar las aguas de desecho y hacerlas útiles.
- Microbiología Agrícola: estudia aspectos como la formación y fertilización de los suelos, el control de los insectos dañinos para las plantas mediante el uso de microorganismos, y los efectos dañinos de los microorganismos sobre las plantas.
- Microbiología Veterinaria: tiene por objetivo la prevención y control de esas enfermedades.
- Microbiología Industrial: entre los productos obtenidos de fuentes microbianas tenemos: antibióticos, hormonas, enzimas
- Microbiología aplicada al control de calidad de medicamentos y cosméticos: es de las más importantes dirigido a la enumeración de la población microbiana total incluyendo hongos filamentosos (mohos) y levaduras y a la búsqueda de gérmenes patógenos tales como: Salmonella, Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Pseudomonas aeruginosa, etc.